Chwała Boża
Pierwszym celem IBP jest: oddawanie należnej czci Bogu w Trójcy Jedynemu, chwała Kościoła świętego i Najświętszej Dziewicy Maryi, w modlitwie, służbie Bożej i we wszystkim co czynią jego członkowie tak aby „ut omnibus Deus Glorificetur” 1P 4,11.
Duszpasterstwo
Drugim celem IBP jest: nieustanna modlitwa, praca i służba na rzecz zbawienia jak największej liczby dusz. Instytut Dobrego Pasterza nie istnieje sam dla siebie, ale jego członkowie nade wszystko starają się gorliwie wypełniać posługę duszpasterską wszędzie tam gdzie zostaną posłani, dlatego kapłani IBP zawsze mają przed oczyma naczelną zasadę Kościoła „salus animarum suprema lex”
Wieczne kapłaństwo
Trzecim celem IBP jest przygotowywanie i formowanie młodych mężczyzn do kapłaństwa służebnego, tak aby wzorem swego Mistrza mogli być w przyszłości gorliwymi duszpasterzami i przewodnikami swoich owiec. Przyszli kapłani są formowani, aby Ofiara Mszy Św. stanowiła centrum ich życia, a miłość do Kościoła i jego Najwyższego Pasterza nieustannie realizowała się w słowach „zelus domus tue commedit me” J II,17
Służba prawdzie
Czwartym celem IBP jest: służba Chrystusowi który jest Drogą, Prawdą i życiem, poprzez stanie na straży katolickiej doktryny i nauczania. Kapłani Instytutu są zobowiązani nieustannie studiować Pismo Święte, Ojców Kościoła i Dokumenty Magisterium. Od członków IBP jest wymagana solidna znajomość teologii i apologetyki, oraz (mężna) obrona prawd wiary ilekroć zajdzie taka potrzeba, tak aby byli prawdziwymi „cooperatores veritatis”.